Die Entwässerung landwirtschaftlicher Liegenschaften muss den Anforderungen des Gewässerschutzgesetzes und spezifischer Verordnungen entsprechen, wobei für Ställe, Mistlager und Waschplätze strenge Vorschriften gelten. Abwasser von landwirtschaftlichen Betrieben, wie Gülle und Regenwasser, muss entsprechend den gesetzlichen Normen behandelt und in geeignete Systeme abgeleitet werden. Ein Entwässerungsplan sowie die Deklaration der Entwässerung sind Bestandteil der Baugesuchsunterlagen und müssen regelmässig kontrolliert werden.
Die Planung und Ausführung von Hofdüngeranlagen unterliegt strengen Anforderungen im Bereich des Gewässerschutzes und der Grundwassersicherheit. Der Bau solcher Anlagen erfordert eine detaillierte Projektierung und eine Dichtheitsprüfung vor der Inbetriebnahme. Bestehende Hofdünger- und Entwässerungsanlagen müssen gewartet und regelmässig auf ihre Dichtheit geprüft werden. Die Dichtheitsprüfung erfolgt je nach Art der Anlage mit unterschiedlichen Verfahren, wie Wasserfüllung, Sichtkontrollen oder Leckerkennungssystemen.