Ein Befall mit Endoparasiten kann Tierwohl, Leistung und Gesundheit von Legehennen stark beeinträchtigen. Bei Legehennen sind Spulwürmer (Ascaridia galli), Bandwürmer (Cestoden), Haarwürmer (Capillaria spp.) und Blinddarmwürmer (Heterakis spp.) von Bedeutung. Die Lebenszyklen der Endoparasiten sind sehr verschieden. Einige sind auf Zwischenwirte (z.B. Schnecken) angewiesen, während andere lediglich ihren Hauptwirt – in diesem Fall das Huhn – zum Überleben brauchen.
Der Spulwurm ist der bedeutendste Endoparasit des Huhns und lebt im Dünndarm. Ein Befall führt zu reduziertem Futterverzehr, Durchfall, Abmagerung, reduzierter Legeleistung, blassem Eidotter und im schlimmsten Fall zum Tod durch Darmverschluss. Der Spulwurm ist nicht auf einen Zwischenwirt angewiesen. Die Übertragung findet über den Kot der Tiere statt, in dem Eier mit Larven des Parasits enthalten sind. Diese werden mit dem Kot der Hühner ausgeschieden und sind sehr robust. Um den Parasitendruck möglichst tief zu halten und die Grasnarbe zu schonen, muss der ungedeckte Schlechtwetterauslauf der Hühner auf Bio Suisse Betrieben mit scharrbarem Material versehen sein. Das Material hat einen Einfluss auf die Überlebensrate der Wurmeier. In einem Versuch des FiBL wurden deshalb Buchenschnitzel, Fichtenschnitzel, feiner Rundkies und Erde miteinander verglichen. Dabei zeigte sich, dass die Wurmeier am längsten in Erde und am wenigsten lang in Kies überleben. Auf jeden Fall ist es empfehlenswert, das Einstreumaterial im Schlechtwetterauslauf nach jedem Umtrieb zu wechseln. Feuchte Weideflächen sollten saniert werden und es ist eine möglichst gute Grasnarbe anzustreben.
Entwurmungen mit chemisch-synthetischen Mitteln sind auf Bio Suisse Betrieben nur auf tierärztliche Verordnung zugelassen. Damit sollen Resistenzbildungen vermindert werden. Das bedeutet, über den Einsatz eines Wurmmittels ist nach Entnahme und Analyse einer Kotprobe zu entscheiden. Am besten wird die Kotprobe alle 10 bis 12 Wochen entnommen. Dazu wird an verschiedenen Stellen im Stall frischer Kot eingesammelt, luftdicht verpackt und an ein Labor geschickt. Die Analyse gibt Aufschluss über die vorhandene Anzahl Wurmeier. Beim Entscheid, ob eine Behandlung durchgeführt werden soll, wird auch der Gesundheitszustand der Herde, die Legeleistung und die Eidotterfarbe berücksichtigt.
Bei der Beurteilung der Wurmbelastung und der Kotprobe muss daneben die sogenannte Präpatenzzeit berücksichtigt werden. Sie entspricht der Dauer von der Infektion bis zum Zeitpunkt, an dem Eier bzw. Larven im Kot nachweisbar sind. Es kann deshalb sein, dass im Kot Würmer sichtbar sind, in der Kotprobe aber wenig bis keine Wurmeier festgestellt werden können.
Eine Entwurmung wird bei Legehennen über das Futter oder das Trinkwasser durchgeführt. Die Behandlungsdauer richtet sich nach dem gewählten Wirkstoff und dem Verabreichungssystem. Es empfiehlt sich zudem, nach der Entwurmung die Einstreu im Stall und dem Wintergarten zu wechseln.